El Cañón de Fernández representa el hábitat de miles de especies nativas y migratorias que encuentran cobijo en medio del desierto. Una de las aves más emblemáticas es el pato arcoíris, y entre los árboles, el ahuehuete.
Fue el 2 de febrero de 2008 cuando la convención Ramsar dio al Parque Estatal el rango de Humedal de Importancia Internacional y fue registrado en el listado con sus 17 mil hectáreas. Es un singular humedal ripario en el desierto chihuahuense que se formó con el paso del río Nazas en la parte baja de la cuenca hidrológica Nazas-Aguanaval, en él coexisten tres diferentes ecosistemas: humedal, matorral xerófilo o desértico y de agua dulce.
Desde abril de 2004 es un área protegida. Ubicado entre los municipios de Lerdo y Cuencamé, en el noreste del estado de Durango, se trata de la principal área de recarga del acuífero de la Comarca Lagunera. Su biodiversidad incluye 581 especies diferentes (entre ellas, 25 especies endémicas) que abarcan aves, peces y vegetación.
Investigadores advierten que la identidad histórica de la región está asociada al río y el último tramo vivo del Nazas es precisamente donde está el Cañón de Fernández.
Entre las amenazas que sufre el área natural protegida, se estima que el 30 por ciento de la vegetación ha sido desplazada en la franja ribereña por vegetación artificial y edificaciones recreativas, pues la Comisión Nacional del Agua (Conagua) no ha cumplido con su papel de regular el otorgamiento de las cerca de 120 concesiones que hay en este tramo. Otro tema es el turismo desordenado, pues no se regula la visita de la gente, lo que ha dejado basura y destrucción de la flora y fauna.
También hay elementos como el sobrepastoreo, la tala en la cuenca alta, que actúan en contra de la conservación de los humedales, que son realmente "filtros" que permiten la acumulación de agua y prestan servicios ambientales extraordinarios.
Entre las especies existentes en este humedal están el álamo, sauce, ahuehuete, huizache, mezquite, ocotillo, y distintos tipos de cactus; la aguililla de cola roja, aguililla gris, pato del bosque, águila pescadora, auras, capiturrín, cardenal, cardenal chivo, tángara roja y chara verde; zorro, cacomixtle, coyote, ardilla, conejo de cola blanca; víboras de cascabel, víbora con patas, coralillos, lagartija de collar,perritos de la pradera; también hay 27 tipos de peces.
Además, visitan el cañón de Fernández algunas especies migratorias como el pato canadiense.
Tras el Decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación, se cuenta con una nueva Área Natural Protegida, "Ríos y Montañas de la Comarca Lagunera", ubicada en los municipios de Lerdo, Nazas, Mapimí, Cuencamé y Gómez Palacio, estado de Durango, y que abarca la superficie de 172 mil hectáreas, 10 veces más que el Cañón de Fernández, mismo que queda dentro del Decreto, que abarca también las Sierras del Sarnoso y de la India, así como la Sierra del Rosario, que no contaba con ninguna iniciativa de protección.
La iniciativa fue producto de la negociación de ecología política de ProdeNazas con el gobierno federal y el estado de Durango, fue posible por el esfuerzo colectivo y marca un paso significativo hacia un futuro sostenible y la salvaguarda de la biodiversidad de la región.
El documento menciona que el sitio es un sistema ecológico fundamental que tiene un impacto significativo en la cantidad y calidad de agua, facilita la captación y filtración de agua hacia los mantos acuíferos, contribuye a la recarga de los recursos hídricos de la que dependen centros de población.
También alberga y salvaguarda mil 100 especies nativas de las cuales 162 son endémicas de México y 54 se enlistan en alguna categoría de riesgo de la "Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, Protección ambiental-Especies nativas de flora y fauna silvestres-Categorías de riesgo y especificaciones para su inclusión, exclusión o cambio-Lista de especies en riesgo"; así como 148 especies de plantas endémicas en el país.
No obstante, ello también implica que el gobierno federal se haga cargo de su vigilancia y ordenamiento, y se suspendan las inversiones que tenía contempladas en el estado para el sitio, como era la instalación de casetas para tener un mayor control para el acceso de los visitantes y evitar el ingreso de los racers.